В ранних девяностых Мэтт, Дом и Крис играли в разных коллективах в Тинмутской школе. Формирование Muse началось после того, как Мэтью Беллами стал гитаристом в группе Дома Ховарда. Они попали в трудную ситуацию, когда их второй гитарист Phys Vandit решил уйти. Тогда они попросили своего близкого друга Криса Уолстенхолма научиться играть на басу. С тех пор группа сменила кучу названий, называясь: Gothic Plague, Carnage Mayhem, Fixed Penalty и Rocket Baby Dolls, прежде чем стать Muse. В 1994 году, под названием Rocket Baby Dolls и с готическим/глэмовым имиджем группы выиграла местную «Битву групп», разрушив в процессе выступления своё оборудование. Вскоре после этого группа решила не поступать в университет, а погрузиться в жизнь профессиональных музыкантов. Они сменили название на Muse и начали выступать в местных клубах вроде «the Cavern» в Эксетере.
После нескольких лет формирования столичной фан-базы, Muse отыграли свои первые концерты в Лондоне и в Манчестере. Группа встретилась с Деннисом Смитом, владельцем Sawmills, звукозаписывающей студии в переоборудованной мельнице в Корнуолле, в Юго-Западной Англии. Тогда же они заключили контракт. Эта встреча привела их к их первым настоящим записям и выпуску силами соумиллского лейбла Dangerous одноимённого EP с лицом Дома, использованным в дизайне. Их второй EP Muscle Museum (январь 1999) включал две версии заглавной композиции и песни Sober, Uno, Unintended и Instant Messenger.
вопреки успеху их первых EP британские рекорд-компании отказывались поддержать Muse и многие отрасли музыкальной индустрии были озабочены тем, что звучание Muse сильно напоминает Radiohead (времён The Bends). Тем не менее американский Maverick Records организовал группе несколько выступлений в США, прежде чем подписать их в конце 1998 года. К работе над первым альбомом Muse — Showbiz — был привлечён Джон Леки, который продюссировал вышеупомянутый The Bends, The Stone Roses, «Странного Эла» Янковича и The Verve. Альбом показал агрессивный стиль группы, а его тексты содержали множество ссылок на трудности, которые им пришлось преодолеть, чтобы утвердиться в Тинмуте. После выхода альбома группа отправилась в тур на разогреве у групп Foo Fighters и Red Hot Chili Peppers.
Вышедший в сентябре 2003 г. альбом Absolution изначально планировалось записать поднимающим настроение, с мощным оркестровым сопровождением. Однако произошло несколько событий, в результате которых все сильно изменилось. Формально, если верить сайту MuseAndaMuse, причиной было нападение США и Британии на Ирак, что привело к решению группы сделать более апокалиптичное и трагичное звучание. Для этого были перемикшированы некоторые оркестровые партии с целью притушевать их и добавить драматичности. Более реальным является просто смена настроений Мэтта и непрекращающиеся депрессии.
2 июля 2006 г. MUSE выпустила 4-й студийный альбом «Black Holes and Revelations». Этот диск стал одним из самых успешных за всю историю группы: в первую же неделю продаж он разошелся тиражом более ста тысяч экземпляров.