Джон Петручи родился 12 июля 1967 года на Лонг Айленде, в Нью-Йорке. Он вырос в музыкальной семье. Его родители ни на чем не играли, но старшая сестра осваивала пианино и орган, брат играл на басу, а младшая сестра - на кларнете. Джон говорил, что единственной причиной того, что он начал играть на гитаре было то, что все дети по соседству играли на этом инструменте и это казалось забавным.
Джон начал брать уроки игры на гитаре, когда ему было 12 лет, а сейчас он один из самых узнаваемых гитаристов в мире. В настоящее время он сотрудничает с журналом Guitar World Magazine, где регулярно публикуется его рубрика.
На его творчество повлияли такие музыканты, как Steve Vai, Al DiMeola, Alex Lifeson, Steve Howe, Alan Holdsworth и позднее творчество Stevie Ray Vaughan (случайное совпадение: все эти имена начинаются со Steve или Al !).