Первоначальный состав Apocalyptica представлял собой четырёх виолончелистов: Эйкка Топпинен, Макс Лилья, Пааво Лойтонен и Антеро Маннинен, имеющих классическое музыкальное образование. Юноши вместе учились в консерватории и были поклонниками музыки «heavy metal».
В названии группы музыканты совместили слово «Апокалипсис» и свою любовь к Metallica. Так возникло название Apocalyptica. Начиная с 1995 года Apocalyptica начинает выступать на крупных площадках, посещаемость их концертов через год уже доходит до пятидесяти тысяч. Во время тура Metallica по Финляндии квартет был приглашён выступать на «разогреве» у своих кумиров.
В декабре того же года представитель локальной фирмы Zen Garden Records предложил группе выпустить целый альбом с песнями Metallica. Дебютный альбом Apocalyptica Plays Metallica by Four Cellos (в пер. с англ. — «Апокалиптика» играет «Металлику» на четырёх виолончелях) вышел в свет в том же 1996 году, и за год он разошелся тиражом 250 тысяч экземпляров. Два трека с диска были использованы в американском фильме Your Friends and Neighbours.
В 1998 году Apocalyptica приступили к записи альбома Inquisition Symphony, котрый был издан в апреле. Впервые, помимо кавер-версий песен Metallica, Sepultura, Pantera и Faith No More, группа представила на диске и композиции собственного сочинения, написанные Эйккой Топпиненом. Inquisition Symphony был встречен высокими рейтингами продаж, в чарте продаж альбомов в Финляндии он попал в десять лидеров. Два видеоклипа — Harmageddon и Nothing Else Matters — были сняты в поддержку альбома.
Кроме того, Apocalyptica поучаствовала в записи альбомов групп Heiland и Waltari, сольного проекта двух участников Leningrad Cowboys, выпустила сингл с собственной интерпретацией известной рождественской песенки O Holy Night, а также выступила на одном музыкальном фестивале вместе с бывшим барабанщиком Slayer Дейвом Ломбардо. В начале 2000 года Apocalyptica приняли участие в сингле Letting the Cables Sleep гранжевой команды Bush. При работе над этим треком группа впервые использовала полный симфонический оркестр.
Вслед за выходом альбома Apocalyptica вновь отправилась на гастроли, забросив работу и учёбу. В течение следующих двух лет Apocalyptica посетили Грецию, Польшу, Болгарию, Литву и Мексику, причем их концерты проходили в залах вместимостью не менее двух тысяч человек. Летом 1999 года группа отыграла на европейском метал-фестивале Dynamo Open Air в голландском городе Эйндховен перед аудиторией порядка 30 000 человек. В 2000 году группа посетила Санкт-Петербург и Москву.
В октябре 2000 года вышел третий диск Apocalyptica — «Cult». Альбом считается переломным в направлении развития группы — почти весь материал альбома теперь был написан Эйккой Топпиненом. Из чужих композиций на диске были лишь два кавера Metallica и интерпретация пьесы Эдварда Грига «В пещере горного короля». В альбоме «Cult» во время записи использовалось одновременно до 80 виолончелей. Песня 'Hope' с этого альбома, исполненная Маттиасом Сэйером из группы 'Farmers Boy' вошла в саунд-трек фильма «Видок» с Жераром Депардье. В поддержку альбома был выпущен сингл «Path», записанный с участием Сандры Насич, вокалистки Guano Apes, и снято два клипа на эту песню — в инструментальной и вокальной версии.
В 2001 году вышел DVD выступления Apocalyptica в Мюнхене в октябре 2000 года. Также на этот диск вошли шесть видео-клипов и бонус-трек: «живое» исполнение «Little Drummerboy» в Варшаве в 1999 году.
К началу 2002 года в группе назревал кризис из-за непростых отношений между музыкантами, закончившийся уходом Макса Лильи. Во время выступления на Максидроме-2003 на сцену вновь вышел Антеро Маннинен, а за барабанную установку сел Микко Сирен (Mikko Siren), которые теперь участвуют в живых выступлениях группы.
Март 2003 года ознаменовался выходом нового альбома «Reflections», на котором представлены только собственные вещи Apocalyptica, написанные в основном Эйккой. Три вещи для этого альбома написал Пертту. В записи пяти композиций принимал участие ударник Slayer Дэйв Ломбардо. Осенью вышло специальное издание «Reflections» — «Reflections Revised», которое включает CD и DVD.
В 2003 году Apocalyptica побывала в Москве на фестивале «Максидром-2003», а также на нескольких европейских фестивалях. Группа также побывала на гастролях в Мексике, а в августе выступила на шоу Viva Overdrive в Берлине, где исполнила с Сандрой Насич песню «Path», и с Линдой Санбланд («Lambretta») песню «Faraway».
В начале 2004 года участники Apocalyptica были заняты в различных проектах. Пертту вместе с Хельсинкским филармоническим оркестром побывал на гастролях в Аргентине и Бразилии. Пааво продолжил свою преподавательскую деятельность. Эйкка занимался новым проектом «Sheet-music». Также первая половина года была посвящена работе над новым, пятым, альбомом. В августе-сентябре группа снова дала несколько шоу на европейских фестивалях (Heitere Open Air, Highfield Open Air, Metal Camp, Huntenpop и других).
В январе 2005 года вышел пятый альбом, названный «Apocalyptica». В альбом впервые были включены вещи с вокалом — «Life Burns», «Bittersweet», «En Vie» и «Betrayal/Forgiveness». Ранее вокальные варианты собственных инструментальных композиций Apocalyptica издавались только в сингловом варианте. В записи песен приняли участие финские вокалисты Лаури Илонен (The Rasmus) и Вилле Вало (HIM) и французская певица Эммануэль Монет (Manu). Также в записи альбома снова принял участие ударник Дэйв Ломбардо. В поддержку альбома были выпущены три синла: Bittersweet, Wie Weit и Life Burns, на все три песни были сняты видеоклипы, транслировавшиеся по MTV. Песня Bittersweet стала главной музыкальной темой компьютерной игры «Die Siedler: Das Erbe Der Konige».
В поддержку альбома Apocalyptica провели мировой тур, в марте впервые посетив США и Южую Америку, а также выступив вместе с Rammstein. Всего в 2005 году было отыграно более 150 шоу в десятках стран Европы и Америки. В ноябре группа дала несколько концертов в разных городах России. В том же году музыканты при участии Triplex приняли участие в записи саундтрека к российской спортивной драме «Бой с тенью». Композиция, исполненная ими, была написана композитором Алексеем Шелыгиным и номинировалась на премию RMA MTV Россия.
Все композиции с участием вокалистов, издававшиеся ранее на синглах, вошли в 2006 году в юбилейный сборник Amplified: a Decade of Reinventing the Cello, посвящённый десятилетию концертной деятельности группы.
В 2007 году Apocalyptica записала альбом Worlds Collide, в котором приняли участие Тиль Линдеманн (Rammstein), Кори Тейлор (Slipknot), Адам Гонтьер (Three Days Grace), Кристина Скаббия (Lacuna Coil) и другие известные певцы, а также ударник Дэйв Ломбардо (Slayer) и гитарист Томояцу Хотей.
Apocalyptica выступала в качестве приглашённых гостей на Евровидении — 2007 во время подсчёта голосов. Группа сыграла одну новую вещь с ещё не вышедшего на тот момент альбома «Worlds Collide» и поппури на 2 свои песни — «Faraway» и «Life Burns».